Med den utbredte bruken av fluorokinoloner har bakteriell resistens og bivirkninger også oppstått etter hverandre.Nylig markedsførte fluorokinoloner som temafloxacin ble avbrutt bare 15 uker etter at de ble lansert i Storbritannia i 1992 på grunn av bivirkninger som allergi, blødning og nyresvikt.Derfor er det ikke slik at jo høyere fettløselighet og lengre halveringstid, jo bedre, og farmakokinetikken og de kliniske fordelene og ulempene bør vurderes omfattende.